有關部分媒體稱台南北門砍樹種光電一事，經濟部能源局表示，北門是進行漁電共生開發，也就是在魚塭上設置光電，砍樹種電的指控並非事實。此外，所謂光電板鋪設密度過高無法養魚的質疑，該處主要是作為「養水池」使用，也就是新水放入養殖池前的調節池，本就不是養魚的池子。
經濟部也要透過這個機會解釋各項疑慮，相關報導主張光電的噪音可能影響魚類生長，事實上，太陽光電發電設備於運轉期間，只會透過光電板「靜態」接受陽光照射，真正發出聲音的是變流器的「散熱風扇」，也僅有極微量的低頻聲，並不影響魚類生長，目前北門地區已有完工併網的室內養殖場有良好的生產實績，就是最好的實證。
至於黃珊珊前副市長臉書貼出的案例，或是相關報導中認為光電板離池太近，或是鋪設過密，經濟部指出，該類的鋪設主要都是作為魚塭養水池使用，並不是養魚池。養水池是要用來隨時調節其他養殖池的鹽度及水質，並且可將新水先存在養水池，避免新水直接放入養殖池，導致增加魚蝦發病率。簡單來說，這類池子是養殖魚業常見備援做法，只養水、不養魚。
經濟部也指出，相關報導誤用熱島效應，事實上漁電共生透過光電板的遮蔭，在夏天可以反而可以避免陽光曝曬水池，可避免水體蒸發及維持適合魚類生長的溫度。而太陽光電將太陽的能量轉換成電能輸送到電網，亦有助移除太陽光的熱量。
而在支架腐蝕的議題，經濟部說明，沿海之太陽光電案場採用支架，以85μm熱浸鍍鋅鋼構搭配不銹鋼螺桿螺帽，均以20年耐腐蝕為設計考量，若有局部表面鏽蝕之狀況，業者皆能在定期維運時上漆保養，以利設備有效運作。此外漁電共生係由光電業者自行投資設置，透過未來的售電收入回收設置成本，業者要自行維運，確保案場的妥善率，也沒有政府追加工程預算問題。
最後，報導中猜測光電板除役回收用於填海，也不正確，事實上經濟部與環保署已建立模組回收體系，太陽光電模組除役後，已有明確的清運、處理、再利用機制，不允許廠商隨意棄置或填海。
經濟部強調，漁電共生係秉持「養殖為本、綠電加值」為原則，養殖漁業導入漁電共生有助於改善養殖環境，創造養殖漁業及綠能產業共生共榮的效益，歡迎大家共同監督，要求漁電共生確保養殖事實。
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