有關學甲爐碴案，臺南市環保局表示，在學甲爐碴案件調查過程中，環保局全力配合檢調單位，並強制要求業者清除農地上掩埋的爐碴。至目前為止，包括學甲大灣段農地及興業段61、240、804-2等可執行爐碴清除的範圍內，均已清理完畢。至於陳昭姿委員所指「未清除的部份」因其上方已興建廠房，為保障廠房所有者之權益，目前採取監控的方式處理，定期進行地下水監測及土壤採樣，目前檢驗結果皆低於標準值。若未來具挖除可行性時，立即責令清除爐碴。
環保局指出，有關興業段804-2土地，經查該土地區分6個區塊進行開挖驗證作業，清理期間本局3度前往確認各區塊是否完成清理，且每次驗證前均通知國產署、環管署及產發署一同前往，確保公開透明，除開挖確認未見有爐碴外，並於113年3月21日針對土壤進行重金屬檢測，確認土壤無污染之虞。環保局表示，學甲大灣段農地及興業段61、240、804-2等可執行爐碴清除的範圍內，除了一小塊因安全性考量，清除速度較慢，擬於年底會完成，其餘均已清理完畢。
針對學甲區興業段516等地號的填埋物，環保局依法要求清理義務人進行清理。考量該案址廠房係依合法程序興建，因此，在爐碴未完全清理之前，環保局要求義務人先進行環境監測。若爐碴挖除具可行性，將立即啟動清理作業，而非以監測替代清理工作。另清理義務人所提出的環境監測計畫經環保局於112年4月10日審查完畢後，即定期進行地下水監測及土壤採樣，經檢驗土壤及地下水皆低於標準值，尚毋需進行場址之土壤及地下水整治。
環保局強調，絕無圖利清理義務人，若未來具挖除可行性時，將立即責令清除爐碴。環保局進一步說明，全程興業公司為不知情者，屬善意第三人，其信賴利益應予保障，如命清理義務人清除爐碴而拆除善意第三人全程興業公司之廠房，不僅將使其無法營業、損失廠房興建成本3億元，更使該公司員工生活難以為繼，其所造成之損害將比所維護之環境公益為甚，故基於信賴保護原則及比例原則，考量個案情形，採對善意第三人損害最小之方式，於廠區之生產必要範圍內先採取環境監測管理，並非因此免除清理義務人之清除義務。
市府環保局強調，學甲爐碴案之清理執行採取現場錄影及網路直播，公開清運工作日誌及各階段處理及檢測資訊，要求清理之效率及全民監督之公開機制為全國首創，也是全國第一個完成非法爐碴場址清除的地方政府。市府秉持透明和合作精神，自發現以來皆積極配合、主動查辦，要求清除義務人清運完畢，後續也進行環境汙染檢測。
此外，為防堵類似案件發生，台南市政府也邀集檢警單位，組成「環檢警大聯盟」，專門揪出不肖環境汙染業者，並運用攔查、UAV空拍蒐證、衛星變異點等科技辦案等多管齊下取締非法，一旦破獲非法就嚴加查辦。
