臺北市政府捷運局表示，頂埔站開發案與捷運土城線延伸頂埔段及三鶯線LB01站共構，其中地下B1-B3為政府編列預算興建之捷運轉乘停車場，非屬開發大樓範圍，且參與開發之土地已移轉予本市，私地主無須繳交地價稅，涉及私地主回饋比例及權益分配等相關事項，仍應依相關規定辦理，特予澄清。
北市捷運局進一步表示，頂埔站完工通車後，原三鶯線LB01站共構工程係委由投資人興建，分別於105年及106年辦理2次徵求投資人作業，可惜均流標。後因新北捷運局為配合三鶯線通車時程，將三鶯線LB01站共構工程收回自建，所以北市捷運局第3次徵求前置作業配合新北捷運局預計113年12月之完工時程，已於112年5月15日徵得招商顧問，並在今年5月2日公告徴求投資人，9月23日截止，配合接續投資人甄審作業，預計於114年3月完成簽約，後續即可由投資人接續完成開發大樓興建。
北市捷運局指出，本案私地主與臺北市政府於98年9月10日簽訂土地協議價購協議書，並選擇參加捷運土地開發，依協議書之規定，選擇不領取協議價購土地款同意以開發後之公有不動產抵付，土地已移轉予本市而免徵地價稅，無私地主所稱每年仍需繳納地價稅之情事。另捷運開發大樓包含捷運相關設施及開發大樓二大部分，而捷運相關設施（含轉乘車位），由政府編列預算委託捷運廠商一起施作，非屬開發大樓之範圍，且轉乘車位係依都市計畫規定辦理設置，亦非私地主所稱為臨時轉運停車站。
另針對私地主分回開發後樓地板部分，北市捷運局表示，依臺北市臺北都會區大眾捷運系統土地開發權益轉換原則規定，私地主除持有土地參與分配外，還可分得1/2捷運獎勵樓地板，以捷運局目前公告招商之地主最低分配比率為44.25%作分配，惟仍俟徵得投資人承諾地主分配比率為準，至有關私地主所稱樓地板減損事宜，主要是指私地主依權益轉換分配後之樓地板面積，須再依新北市都市計畫相關規定，回饋予新北市政府。
北市捷運局強調，本基地為配合捷運系統土城線延伸頂埔地區於98年3月2日變更都市計畫，給予本基地獎勵容積同時也賦予回饋義務，私地主於97年10月購入土地後，從變更都市計畫至與本府協議價購之過程均有參與，方同意於98年9月10日簽訂協議書。北市捷運局表示，已積極配合三鶯線工程進度辦理徴求投資人相關作業，以期私地主能早日分回不動產獲取開發效益，後續涉及私地主回饋比例及權益分配等相關事項，仍應依新北市現行都市計畫及「臺北市臺北都會區大眾捷運系統土地開發權益轉換原則」規定辦理。
