近年生鮮蔬果食用安全意識抬頭，臺北農產公司作為聯繫產地與本市生鮮蔬果供應之重要樞紐，自108年9月21日以來透過質譜化學快檢檢驗進場品項，相比過去化學法檢驗方式，質譜化學快檢具備20分鐘即可精確檢出農藥種類及濃度之優勢。另外搭配109年上路之供應實名制，更能在交易前迅速比對供應代號及身分資料，藉由資訊化系統達到即時溯源，讓農藥源頭控管成為可能。
有關111年11月抽驗結果，共計抽驗1,271件蔬果產品，檢驗結果75件不符合規定，銷毀重量計21,029公斤，不合格率5.9%，其中主要品項為芥藍芽、辣椒及青江白菜，經臺北農產公司追查產品來源，供應人主要來自雲林縣、南投縣及彰化縣。
臺北市市場處已輔導臺北農產公司建立質譜快檢實驗室，擴大檢驗量能並於每日拍賣前執行抽檢，不合格蔬果當場即予銷毀並追溯源頭停止供貨，期以達到民以食為天、食以安危先的農安管理模式。今(111)年臺北農產公司透過實名制溯源管理，搭配不合格農產品銷毀機制執行成果，已將每月不合格率自一月的10.8%降至本(11)月的5.9%。另針對不合格蔬果，臺北農產公司亦將相關檢驗結果一併提供農糧署、該品項供應人及其所屬地方政府農政機關等單位，供其未來透過資訊科技，建立農產品來源及用藥資料庫，快速分析高風險來源蔬果，以有效提升本市食安防護。
