臺南市政府經濟發展局每年依照柳營科技工業區暨環保園區環評承諾內容，持續進行工業區周邊環境監測項目，包含空氣品質、水質、噪音以及生態等項目。隨著園區不斷發展，經發局持續精進相關環境監測方式及環境保護作為，以降低園區廠商生產行為對周邊環境造成之衝擊。近年為因應產業轉型趨勢，增加園區污水廠放流水水質重金屬「銦、鎵、鉬」監測；土壤地下水則每年針對多環芳香族碳氫化合物、氯化碳氫化合物及總石油碳氫化合物調查；並持續就廠商周界異味、納管水質、營建噪音以及各種生產行為衍生之污染物排放，辦理日、夜間監測，即時掌握園區環境情況。
經濟發展局林榮川局長表示，園區內自112年起引進無人機設備，每個月進行2次飛行任務，透過無人機空拍的影像來比對園區環境是否有變異，亦能及時發現園區內有無污染發生，今 (113) 年2月就透過每月的空拍巡查，發現園區南側滯洪池有不明油污，故立即循園區下水道找到肇事廠商，要求廠商清除。
無人飛行載具的除影像拍攝成果，也能搭載空氣品質微型感應器監測設備，偵測園區廠商煙囪廢氣排放數值、即時傳輸監測數據及影像，並搭配地理資訊軟體，確實掌握園區空氣品質，也進一步將所監測到的數值與環保法規比較，目前監測數值成果都低於環境部所訂定之「固定污染源空氣污染物排放標準」，後續並針對測值較高廠商主動訪廠輔導。
另為了精確確認異味發生的源頭，將針對區內好發異味點裝設智慧環境監測系統，並將監視資料回傳至園區服務中心保存，後續可利用影像紀錄查找污染排放源頭，並將針對園區內煙囪排放時間紀錄，建立環境背景資料庫。另外為了提升柳科園區周邊民眾對園區環境品質之了解，預計於今年下半年於園區重要路口設置電子看板，定期揭露相關資訊，希望藉由各項智慧監測系統逐步降低園區周遭居民的疑慮。
柳營科技工業區除持續對環境進行監測外，另委託保全人員及專業廠商執行日夜間巡邏。近期更擴大巡查範圍至周邊鄰里，每周不定期派遣人員於夜間至附近大農里、篤農里、重溪里、太康里、神農里、果毅里等區域巡查，如有發現任何不法或可疑行為立刻通報相關單位。希望藉由各單位協力合作，並滾動式檢討及精進作為，強化環評規範環境監測作業的執行能量，改變柳科長年週遭居民質疑異常排放的老問題。
